Durante mucho tiempo su actividad principal fue el tráfico regular de cabotaje, y en algunos casos gran cabotaje. En 1922 firmo un acuerdo con Transmedierránea y Ramos para formar una conferencia de fletes, repartiéndos las cargas disponibles según unos porcentajes acomodados y cobrando unos precios establecidos. Poco más tarde Aznar empezó a competir en ese tráfico y en 1930 se firmó un nuevo acuerdo en el que Ramos quedó excluida, pues no disponía de la potencia suficiente para poder participar.
En ese nuevo acuerdo quedaron las otras tres navieras, pero en 1935 Trasmediterránea se desligó de él quedando Ybarra y Aznar como únicas navieras integradas en esa conferencia, aunque la participación de cada una de ellas varió con los años según se negociaron los nuevos acuerdos.
La conferencia, que tenía por nombre Servicios Mancomunados de Cabotaje, se disolvió en 1966 al ser imposible competir con el ferrocarril y carretera, que habían alcanzado gran desarrollo. A pesar de no ser socio de esa Conferencia Ramos mantuvo durante muchos años un acuerdo con con ella para las cargas de la línea Barcelona-Málaga , con algunos puertos interiores, que esa naviera había atendido desde época muy temprana.
Durante la Primera Guerra Mundial, empezó el tráfico trasatlántico, tanto a Estados Unidos como a Sudamérica, pero en viajes esporádicos.
En 1919 estableció la línea regular a Estados Unidos para el transporte de carga general,aunque quizás con un cantidad limitada de pasajeros ya que muchos barcos tenían disponibilidad para un pequeño número, inaugurándola con el Cabo Cervera. Esta se suspendió en 1932 debido a la crisis, y por tanto por falta de cargas, producida por la Gran Depresión.
En 1927 estableció la línea regular a Sudamérica, en este caso con pasaje y carga general. El buque que inauguró la línea fue el Cabo Tortosa.
Debido a la gran demanda muy pronto incorporó buques con gran capacidad de pasaje. La llegada de la aviación a gran escala hizo que la línea regular de transporte de pasajeros finalizase en 1976 con la venta de de los dos únicos trasatlánticos que tenía en esa época: Cabo San Vicente y Cabo San Roque. Ya hacía unos años que sólo realizaba unos pocos viajes al año, utilizándolos durante los veranos austral y europeo para realizar cruceros por sus zonas respectivas , incluyendo cruceros a la Antártida, en los que fue precursora
A partir de entonces siguió con el tráfico de carga general en la línea Europa-Brasil-Río de La Plata, que era la última que conservaba. Tuvo tiempos de mucho esplendor, aumentando la carga transportada cada año, especialmente desde que Aznar dejo la línea en 1968.
En la década de de 1980/90 se fue quedando sin espacio debido a la progresiva y la rápida implantación de los contenedores y los buques especializados en su transporte. En 1989 se quedó sin flota propia , solo con barcos fletados a casco desnudo.
La naviera alemana Hamburg Sud compró el 50% de su accionariado realizando el transporte en sus buques portacontenedores cuando Ybarra dejó de operar buques. En 2008 esta naviera se hizo con el 100% de las acciones quedando Ybarra y Cía. como nombre comercial de Hamburg Sud.
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